Přesný počet rukopisů, který byl na zámku původně přechováván, není znám, neboť jejich katalog zmizel v rámci prodeje celé knihovny v roce 1933. Každopádně jejich počet převyšoval tři stovky. Nejvzácnější část mezi nimi tvořil soubor pramenů k českým dějinám, který Thunové získali nákupem pozůstalosti po významném českém historikovi Františku Martinu Pelclovi. Jeho knihovna totiž obsahovala řadu velmi cenných pramenů k českým dějinám. Další zajímavé svazky, včetně iluminovaných středověkých kodexů, se do Děčína dostaly spolu s knihovnou rodu Engleshofenů ze zámku Stockern v Dolních Rakousích. V rámci prodeje děčínské knihovny byla sbírka rukopisů rozprodána řadě zájemců v Československu i v zahraničí. Největší soubor získala Národní knihovna v Praze. Šlo především právě o knihy z Pelclovy sbírky. Další soubor vlastní například Vojenské historické muzeum, Moravská zemská knihovna či Akademie věd ČR. Právě s těmito vlastníky se podařilo domluvit mimořádnou výstavu nejcennějších rukopisů na děčínském zámku. Výstava rukopisů z někdejší zámecké knihovny bude probíhat od 16. listopadu do 9. prosince 2018 v Rohovém sále děčínského zámku.